Axel Munthe hade flyttat till ön Capri i februari 1888. Där var han sysselsatt med sin läkarpraktik, främst för lokalbefolkningen, med också med de turister som kom dit. I augusti 1889 hyrde han Villa Damecuta i byn Anacapri men flyttade av ekonomiska skäl sin läkarpraktik till Rom där han snabbt blev etablerad och fick medlemmar av den europeiska aristokratin och utlänningar bosatta i Rom som patienter. Flytten till Rom visade sig bli ett lyckokast och han lyckades snabbt tjäna mycket pengar på sin praktik.
Axel blev erbjuden att köpa snickarmästaren Vincenzo Alberino hus i juni 1895 utanför Anacapri, 325 meter över havet och med utsikt över Neapel-golfen. Samma dag köpte han också ett förfallet kapell i närheten samt lite mark. Området kallades ”Capodimonte” – ”Bergets krön”.
Enligt Munthes egna uppgifter i sin bok Boken om San Michele hittade han under snickarmästarens hus rester av ett kejserligt palats som en gång tillhört den romerske kejsaren Tiberius. Kejsaren hade mellan år 26 och år 37 styrt det romerska imperiet från Capri, där han påstås ha haft tolv villor. Det gamla kapellet var uppkallat efter ärkeängeln Mikael och var när Munthe köpte det en ruin med övervuxna väggar och infallna takvalv. Detta kapell bestämde sig Munthe för att göra till sitt hem och i slutet av maj 1897 flyttade Munthe in i huset.
Villa San Michele består av en huvudbyggnad, det gamla kapellet samt lämningarna av ett sovrum med väggmålningar och mosaikgolv som kan ha använts av kejsarna Tiberius eller Augustus. Villan och kapellet sammanbinds av en svängd pergola och en allé av cypresser.
Axel Munthe fyllde villan och trädgården med olika antika föremål: skulpturer från Egypten, antika gravmonument, marmorkolonner och renässansmöbler. I sin bok ger han olika fantasifulla berättelser om hur han fick tag i dessa men han har på annat vis bekräftat att de flesta av de antika föremålen har köpts av antikhandlare i Rom och Neapel. En del av skulpturerna är heller inte antika utan moderna kopior. Under själva byggnadsarbetet hittades också en del annat som marmorfragment och grekiska mynt bland annat.
År 1899 köpte Axel Munthe marken nedanför snickarmästarens hus och den gamla borgruinen Barbarossa på berget ovanför. År 1901 köpte han La foresteria, främlingshärbärget på vägen mot Anacapri. Axel var en stor djurvän som upprördes över hur lokalbefolkningen täckte det intilliggande Barbarossaberget med nät för att fånga in flyttfåglarna. Bergets ägare visste att Munthe ville köpa och trissade därför efterhand upp priset. Först i maj 1904 gick köpet igenom.
Mycket mer finns att läsa om San Michele här: https://villasanmichele.eu/