Axel gjorde sina studier vid Uppsala universitet, där han avlade examen i medicin och filosofi samt disputerade i medicin vid universitetet i Paris den 2 augusti 1880. Troligen var det 1891, i samband med en anställning hos hypnotisören och nervpatologen Jean Martin Charcot som han började specialisera sig på nervsjukdomar. Under sin tid i Paris umgicks han flitigt i den skandinaviska konstnärskolonin, särskilt med Ernst Josephson, Hugo Birger, Carl Snoilsky men även med August Strindberg, vars husläkare han senare blev. Deras relation var dock allt annat än varm.
I Paris
Ultima Hornberg, lärde han känna och blev sen sin första hustru och som han var gift med 1880–88. Han begav sig 1884 till Neapel, som precis drabbats av en koleraepidemi, där han gjorde en stor insats, vilket gjort honom mycket berömd.
Vid skilsmässan 1888 bröt han med umgänget i Paris, och begav sig till Capri i Italien. De följande åren var tunga då han dels led han av en depression och dels saknade hans patienter medel att betala för behandlingarna, vilket gav honom usla inkomster. År 1890 flyttade han därför sin praktik till Rom och vid Piazza di Spagna blev han snabbt en läkare på modet, framförallt i den engelska kolonin i Rom.
På Capri
Axel bosatte sig senare på Capri där han under 1890-talet uppförde villa San Michele, invid resterna av en av kejsar Tiberius villor på ön. Munthe blev en populär person på Capri bl.a eftersom han vårdade öns fattiga befolkning utan att ta betalt. Villan blev snabbt omtalad på grund av sina samlingar av antikviteter och blev tidigt ett besöksmål för Munthes umgängeskrets av kungligheter och olika kulturpersonligheter.
Den nära relationen
Redan 1892 tillfrågades Munthe om han ville bli kronprinsessan Victorias läkare. Hon hade sedan länge haft problem med luftvägarna och han påbörjade sin tjänst omkring 1893. Efter en längre vistelse i London återkom han till Sverige omkring sekelskiftet och blev personlig vän med kronprinsen, senare kung Gustaf V. År 1903 utsågs Axel officiellt till kunglig livmedikus och 1909 till förste livmedikus. Under sin Sverigevistelse var han bosatt på Stockholms slott samt de andra slott som kungafamiljen vistades i.
År 1907 gifte han om sig med Hilda Pennington Mellor, en engelsk adelsdamn som var 25 år yngre än han själv. I morgongåva gav han henne en magnifik herrgårdsbyggnad i Leksand, Hildasholm, ritad av Torben Grut. Äktenskapet blev dock inte lyckligt och makarna separerade 1919 även om de inte skildes. Tillsammans fick de sönerna Viking (kallad Peter) Munthe och Grane Munthe.
Frivillig läkare
Under första världskriget verkade Axel Munthe under två perioder som frivillig läkare för Röda korset vid västfronten, innan hans svaga syn omöjliggjorde vidare verksamhet. Han utkom anonymt med en bok om sina erfarenheter, Red Cross and Iron Cross (1917), vilken var mycket kritisk mot Tyskland. Att han utgav den anonymt torde bero på kritiken mot Tyskland och respekten för hans patient drottning Victoria.
Axels stora verk blev Boken om San Michele, som blev en internationell bästsäljare och en av de främsta svenska boksuccéerna genom tiderna. Boken skrevs på engelska men översattes av författaren själv till svenska. Den dedikerades till drottningen.
Trots att Munthe till en början inte tog betalt som läkare blev han under 1890-talet en förmögen man. I likhet med drottningen var Munthe en stor djurvän och hade en syn på djurskyddsfrågor som var långt före sin tid. År 1932 donerade Axel 100 000 kronor till djurskydd och som understöd till blinda samer.
Gustaf V bjöd honom att bo på slottet när andra världskriget bröt ut, där han bodde där sina sista år. Han var då sjuklig sedan länge, närmast blind och hade nedsatt hörsel.
På Wikipedia finns mycket att läsa om Axel Munthe: https://sv.wikipedia.org/wiki/Axel_Munthe